Žmonių paieškos ir gelbėjimo bei taršos likvidavimo darbų sistema reorganizuojama koordinavimą ir vadovavimą perduodant Karinėms jūrų pajėgoms (KJP), tačiau iš esmės situacija nepasikeis.
2006 m. lapkričio 30 dieną Lietuvos Vyriausybės Strateginio planavimo komitete pritarta siūlymui minėtų darbų organizavimą, koordinavimą bei vadovavimą jiems Lietuvos teritorinėje jūroje bei Kuršių mariose perduoti KJP.
Iki šiol bendrai šias funkcijas kartu su KJP atlikusios Valstybės sienos apsaugos tarnybos Pakrančių apsaugos rinktinė (PAR), Karinės oro pajėgos, joms vadovavusi Lietuvos saugios laivybos administracija šiame procese dalyvaus ir toliau. Į KJP Jūrų ir pakrančių stebėjimo tarnybos Valdymo centrą suplauks visa minėtų tarnybų informacija. Nors dar praėjusiais metais Vyriausybės nutarime smulkiai išdėstytos kiekvienos institucijos funkcijos ir sistema veikia be trukdžių, aktualus išlieka darbų pasiskirstymo klausimas.
Vyriausybės sudaryta Teritorinės jūros, išskirtinės ekonominės zonos ir kontinentinio šelfo apsaugos ir kontrolės komisija, kuri koordinuoja šį klausimą, iki kovo 1 dienos įpareigota peržiūrėti, parengti ir pateikti būtinus teisės aktų projektus.
Anot Komisijai vadovaujančio krašto apsaugos viceministro Antano Valio, kol kas neaišku, kada KJP galutinai perims minėtas funkcijas, kadangi laukia įrangos, funkcijų ir t. t. perėmimo procesas. Manoma, jog tai galėtų įvykti dar šių metų vasarą, vėliausiai iki 2008 m. pradžios.
A. Valio teigimu, žmonių paieškos ir gelbėjimo bei taršos likvidavimo funkcijas KJP perduoti nutarta, nes kariškiai yra gerai pasirengę profesionalai. Taip pat svarbu buvo ir tai, jog KJP turi savo laivyną, kitą reikalingą įrangą (savo radarais stebi visą Lietuvos teritorinę jūrą.) bei remonto bazę, todėl neprireiks papildomų investicijų iš valstybės biudžeto. Be to, remtasi tarptautine praktika, taikoma Danijoje, Portugalijoje, Latvijoje ir kt.
Šiuo metu taip pat svarstoma, ar KJP perims Klaipėdos valstybinio jūrų uosto laivą „Šakiai”.
Minėta komisija pajūryje apžiūrėjo įvairius objektus, tarp jų – ir Būtingės terminalą, priklausantį AB „Mažeikių nafta”. Susitikime pastarosios bendrovės savininkų – lenkų koncerno „PKN Orlen” atstovai išreiškė pageidavimą, jog keitimasis informacija bei reagavimas į ją būtų operatyvus.