Per 2006 m. Lygių galimybių kontrolieriaus tarnyba nagrinėjo 135 galimus diskriminacijos atvejus: gyventojai pateikė 130 skundų bei buvo atlikti 5 tyrimai savo iniciatyva.
Skundai nagrinėti bei tyrimai savo iniciatyva pradėti dėl visų įstatymu priskirtų diskriminacijos rūšių: lyties (27), amžiaus (23), etninės priklausomybės (20), negalios (11), religijos bei įsitikinimų (6), seksualinio priekabiavimo (2), seksualinės orientacijos (2).
44 skundų tarnyba 2006 m. negalėjo nagrinėti, kaip nepriklausančių jos kompetencijai. Tokiais atvejais tarnyba besiskundžiančiam asmeniui nurodė kompetentingą instituciją – dažniausiai policiją, Sodrą, Socialinės apsaugos ir darbo ministeriją, Vaiko teisių apsaugos kontrolieriaus įstaigą, Seimo kontrolierių įstaigą, Žurnalistų etikos inspektoriaus tarnybą.
Daugiausiai skundų 2006 m. pateikta dėl galimų pažeidimų šiose srityse: darbo santykių (37), valdžios ir valdymo institucijų veiklos (26), prekių ir paslaugų (21), švietimo įstaigų veiklos (10).
Daugiau kaip pusė visų skundų, kai galima buvo nustatyti pareiškėjo gyvenamąją vietą, buvo iš Vilniaus apskrities (57). Iš Kauno apskrities gauta 18 skundų, Klaipėdos 10, Šiaulių 7, Marijampolės 5, Alytaus 2, Telšių 2, Panevėžio 1, Tauragės 1. 2006 m. nesiskundė Utenos apskrities gyventojai.
Tarnybos veiklos pradžioje 1999 m. gautas 31 skundas bei atlikti 4 tyrimai savo iniciatyva, 2000 m. – 52 skundai (bei 5 tyrimai savo iniciatyva), 2001 m. – 63 (10), 2002 m. – 72 (34), 2003 m. – 50 (15), 2004 m. – 57 (17), 2005 – 128 (5). Iš viso per 1999 – 2006 metus tarnyba gavo 583 skundus bei dar atliko 95 tyrimus savo iniciatyva.
Per visus tarnybos gyvavimo metus kiek dažniau skųsdavosi moterys, išskyrus 2000 m., kai vyrų skundų gauta daugiau, nei moterų.
1998 m. gruodžio 1 d. buvo priimtas Moterų ir vyrų lygių galimybių įstatymas, kuris įsigaliojo 1999 m. kovo 1 d. 1999 m. gegužės 25 d. Lietuvos Respublikos Seimas įsteigė jam atskaitingą Moterų ir vyrų lygių galimybių kontrolieriaus tarnybą, kuri 2003 m. lapkričio 27 buvo pavadinta Lygių galimybių kontrolieriaus tarnyba. 2003 m. lapkričio 18 d. priimtas Lygių galimybių įstatymas, kuris įsigaliojo nuo 2005 m. sausio 1 d.