Valstybės kontrolė įvertino geležinkelių reformos eigą bei galimas jos pasekmes. Šia reforma, įgyvendinant Europos Komisijos direktyvas, siekiama atskirti geležinkelių infrastruktūros valdymą nuo krovinių ir keleivių gabenimo, užtikrinti laisvą ir nediskriminacinį naudojimąsi viešąja geležinkelių infrastruktūra. Valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės nuomone, auditas parodė, jog būtina dar kartą labai atsakingai pasverti visas grėsmes, kurias gali sukelti nepakankamai ekonomiškai pagrįsta reforma.
Šiuo metu visą mūsų šalies geležinkelių ūkį valdo valstybei priklausanti akcinė bendrovė „Lietuvos geležinkeliai”. Pernai bendrovės pajamos viršijo 1 mlrd. Lt, iš kurių beveik 90 proc. sudarė iš krovinių vežimo veiklos gautos pajamos. Grynasis pelnas siekė beveik 100 mln. Lt. Krovinių vežimo verslas bendrovei užtikrina finansinį stabilumą, plėtros galimybes ir potencialą investicijoms.
Didžiąją dalį pajamų „Lietuvos geležinkeliai” gauna iš krovinių gabenimo Kaliningrado kryptimi. Siekdamas išsaugoti Lietuvos geležinkelių pajamas ir užtikrinti šalies nacionalinį saugumą, Seimas šiais metais papildė Geležinkelių transporto kodeksą, kuriame nurodė, kad „išimtinė teisė naudotis viešąja geležinkelių infrastruktūra teikiant tranzito geležinkelių transportu paslaugas priklauso geležinkelio įmonėms (vežėjams), kurios arba kurių visos akcijos nuosavybės teise priklauso Lietuvos valstybei”.
Reforma numato, kad ateinančiais metais turi būti įsteigta atskira valstybės įmonė viešajai geležinkelių infrastruktūrai valdyti, tačiau jos steigimo ekonominis pagrindimas nebuvo atliktas. Todėl yra rizika, kad tokios įmonės įsteigimas pareikalaus papildomų lėšų, jos veikla neigiamai paveiks Lietuvos ekonomiką ir geležinkelių ūkį. Auditoriai atkreipė dėmesį, kad steigti atskiros infrastruktūros valdymo įmonės nereikalaujama ir Europos Komisijos direktyvoje, kuri leidžia apsiriboti geležinkelių transporto infrastruktūros valdymo ir komercinės veiklos sąskaitų atskyrimu. Todėl Vyriausybei pasiūlyta parengti tokios įmonės steigimo ekonominį pagrindimą ir inicijuoti svarstymą, ar apskritai ją reikia steigti.
Auditoriai pasigedo aiškios valstybinės politikos dėl keleivių vežimo geležinkelių transportu perspektyvų. Iki šiol nėra žinoma, kiek ilgai „Lietuvos geležinkelių” pelningos krovinių vežimo veiklos sąskaita bus dengiami nuostolingi vidaus keleivių pervežimai. Tokiems nuostoliams kompensuoti 2004 m. buvo prašoma beveik 90 mln. Lt, tačiau 2005 metais valstybė skyrė šiek tiek daugiau negu 3 mln. Lt. Šios veiklos finansavimo klausimas nėra išspręstas.
Be to, Valstybės kontrolė rekomendavo Susisiekimo ministerijai numatyti priemones, skirtas spartinti viešosios geležinkelių infrastruktūros kadastrinius matavimus ir registravimo darbus. Bendrovei rekomenduota realiai įgyvendinti krovinių ir keleivių gabenimo bei infrastruktūros eksploatavimo sąskaitų atskyrimą. Valstybinei geležinkelių inspekcijai pasiūlyta nustatyti rinkliavos už naudojimąsi viešąja geležinkelių infrastruktūra dydį.