Lygiai prieš 15 metų, 1991-ųjų spalio 4 dieną, Vyriausybės nutarimu buvo įsteigta Valstybinė skrydžių valdymo tarnyba. Tai – pirmoji po nepriklausomybės atgavimo Lietuvos padangėje oro eismo paslaugas orlaiviams teikusi įmonė, šiandien dirbančios valstybės įmonės „Oro navigacija” pirmtakė.
Sovietmečiu veikusi kaip aviakompanijos „Aeroflot” padalinys, skrydžių valdymo tarnyba realiai iš imperijos struktūrų išsiveržė tik Maskvoje žlugus 1991 metų rugpjūčio perversmui. Netrukus Lietuvos civilinė aviacija buvo išskaidyta į savarankiškus vienetus – oro uostus, aviakompanijas ir Valstybinę skrydžių valdymo tarnybą, kuriai atiteko seni radijo švyturiai, lokatoriai, radijo ryšio bei kitokia įranga.
Sovietų laikais virš Lietuvos driekėsi tik du tarptautiniai oro keliai, nuo Suvalkų vedę Maskvos ir Sankt Peterburgo (tuometinio Leningrado) link. Siekdami pertvarkyti skrydžių valdymą pagal Vakarų standartus, aviatoriai pirmiausiai ėmėsi keisti pasenusią įrangą. 1992 m. pradėtas diegti „THOMSON” radijo lokatorių sistemos projektas atvėrė naujas galimybes – įsisavinus modernią techniką, išaugo teikiamų oro eismo paslaugų kokybė. Lietuvos oro erdvė tapo kur kas patrauklesnė aviakompanijoms. Tai buvo didelio įmonės specialistų darbo rezultatas. Vien darbuotojų mokymui 1991–1994 metais buvo skirta daugiau kaip milijonas JAV dolerių.
VĮ „Oro navigacija” generalinis direktorius Algimantas Raščius pabrėžia didelius daugelio darbuotojų nuopelnus, pertvarkant skrydžių valdymą: „Daug nuveikė tuometis Susisiekimo ministerijos Civilinės aviacijos departamento direktorius Jonas Mažintas, pirmasis tarnybos vadovas Vladimiras Valujevas, įvairiose pareigose dirbę Povilas Butkus, Rimantas Gibavičius, Pranas Trainavičius, Kazimieras Jakas, Genadijus Matulaitis, Sergejus Smirnovas, Vincas Kaziela ir kiti”.
1994 m. Valstybinė skrydžių valdymo tarnyba buvo sujungta su Valstybine civilinės aviacijos inspekcija ir jų pagrindu įsteigta Civilinės aviacijos direkcija, kuri 2001 m. savo ruožtu išskaidyta į Civilinės aviacijos administraciją ir VĮ „Oro navigacija”.
Didėjantis skrydžių intensyvumas, išaugę reikalavimai oro eismo paslaugoms ir pasaulinė skrydžių valdymo technikos atnaujinimo praktika paskatino VĮ „Oro navigacija” įgyvendinti naują projektą. Praėjusių metų rudenį buvo atidarytas modernizuotas Vilniaus regiono skrydžių valdymo centras ir visiškai atnaujinta Vilniaus aerodromo skrydžių valdymo centro įranga. Abiejuose centruose įdiegta šiuolaikiška skrydžių valdymo įranga EUROCAT X. Šio projekto vertė – 24 mln. Lt.
Šiuolaikišką skrydžių valdymo ideologiją įkūnijanti technika vėl pareikalavo didžiulio ją įsisavinusių instruktorių, skrydžių vadovų bei inžinierių darbo. Nuo 2001 m. veikiančiame įmonės Mokymo centre vyksta nenutrūkstantis skrydžių vadovų įgūdžių lavinimo, kvalifikacijos ugdymo procesas. Prie pultų treniruoklyje imituojami itin intensyvūs skrydžiai, modeliuojamos sudėtingiausios situacijos.
2005 metais Lietuvos oro erdve naudojosi 122 176 orlaiviai. Didžioji lainerių dalis virš mūsų šalies skrido tranzitu. Maždaug trečdalis leidosi Lietuvos oro uostuose. VĮ „Oro navigacija” pagrindinės pajamos praėjusiais metais sudarė 62,2 mln. Lt.
Šių metų rugsėjo 1 d. Europos saugios oro navigacijos organizacija (Eurokontrolė) oficialiai paskelbė, kad Lietuva tapo jos nare. Eurokontrolė suteiks galimybę įmonei tiesiogiai naudotis europine teisine baze, gauti iš Europos institucijų reikalingą techninę, technologinę informaciją, specialistams ugdyti bus galima naudotis ir Eurokontrolės mokymo įstaigomis bei programomis. Kartu tai svarus sėkmingo Lietuvos integravimosi į Europos ir pasaulio oro erdvę pripažinimas.