Vyriausybė priėmė nutarimą skirti atskiras tiesiogines išmokas už cukrų Lietuvos žemės ūkio veiklos subjektams 2006 m. ir vėlesniais metais (tiek, kiek Lietuvoje bus mokamos vienkartinės tiesioginės išmokos už žemės ūkio naudmenų hektarą). Išmokos bus mokamos už kvotinio baltojo cukraus toną. Baltojo cukraus kvota – tai žemės ūkio subjektams skirta kvota pagal cukrinių runkelių tiekimo perdirbimo fabrikams sutartis.
Žemės ūkio ir žuvininkystės Taryboje, vykusioje šių metų vasarį, buvo patvirtinta ES cukraus sektoriaus reforma. Vienas iš reformos elementų – tai dalinis prarastų pajamų kompensavimas augintojams dėl mažinamos minimalios cukrinių runkelių kainos. Kompensacijoms buvo numatytos papildomos Europos Sąjungos lėšos, kurios per tiesioginių išmokų mechanizmą gali būti paskirstomos cukrinių runkelių augintojams. Lietuvai per visą reformos laikotarpį, iki 2014-2015 prekybos metų, išmokoms už cukrų numatyta: 2006 m. – 22,6 mln. Lt (6,547 mln. EUR); 2007 m. – 27,7 mln. Lt (8,012 mln. EUR); 2008 m. – 32,7 mln. Lt (9,476 mln. EUR); nuo 2009 m. – 35,4 mln. Lt (10,260 mln. EUR) kasmet.
Atskiros išmokos už cukrų neįtraukiamos į finansinį tiesioginių išmokų paketą. Naujosioms šalims narėms numatytos 100 proc. senųjų šalių narių lygio išmokos už cukrų. Šios išmokos mokamos iš Europos žemės ūkio garantijų fondo.
Pagal Tarybos reglamentą šalys turi pasirinkti išmokų už cukrų paskirstymo kriterijus: ar mokėti už cukraus/cukrinių runkelių kiekius arba už cukrinių runkelių plotus; pasirinkti referencinius metus (nuo 2004-2005 iki 2006-2007 prekybos metų), pagal kurių duomenis visam reformos laikotarpiui bus nustatomos išmokos už cukrų; nuspręsti, ar visą išmokų už cukrų sumą skirti kompensacijoms, ar tik tam tikrą lėšų dalį.
Vyriausybės nutarimu Lietuva apsisprendė atskiroms tiesioginėms išmokoms cukrinių runkelių augintojams panaudoti visą Lietuvai Tarybos reglamente nustatytą išmokų už cukrų sumą. Referenciniais metais pasirinkti 2006-2007 prekybos metai, o išmokų dydis augintojams bus nustatomas pagal referenciniais metais jų turėtą baltojo cukraus kvotą.
Atskiros tiesioginės išmokos už cukrų 2006 m. ir vėlesniais metais skiriamos tiems cukrinių runkelių augintojams, kurie atitinka reikalavimus tiesioginėms išmokoms už žemės ūkio naudmenų hektarą gauti ir kurie 2006-2007 prekybos metais turėjo baltojo cukraus kvotą. Jeigu cukraus fabrikas, kuriam augintojas tiekia cukrinius runkelius, dėl restruktūrizavimo 2006 m. atsisako jam skirti baltojo cukraus kvotą, tuomet 2006-2007 prekybos metai augintojui pakeičiami 2005-2006 prekybos metais.
Atskirų tiesioginių išmokų už cukrų administravimo ir kontrolės taisykles pavesta parengti Žemės ūkio ministerijai.