Valstybės kontrolė atliko valstybės skolos valdymo auditą. Lietuvos valstybės skola 2006 m. pabaigoje buvo lygi 14,9 mlrd. Lt, per 2006 m. ji padidėjo 1 662,5 mln. Lt. Lyginant su bendrojo vidaus produkto rodikliu, valstybės skola yra gerokai mažesnė už Mastrichto sutarties kriterijų, nustatantį, kad valdžios sektoriaus skola turi būti ne didesnė kaip 60 proc. BVP. Valdžios sektoriaus skolos ir BVP santykis pastaraisiais metais mažėjo, 2006 m. jis sudarė 18,2 proc. ir buvo vienas mažiausių rodiklių tarp Europos Sąjungos šalių (po Estijos, Liuksemburgo, Latvijos, Rumunijos).
Didžiausią skolinimosi poreikį 2006 metais, kaip ir ankstesniaisiais, sudarė lėšos, reikalingos valstybės biudžeto deficitui ir valstybės skolai dengti. Lietuva įsipareigojo siekti 2006 m. konvergencijos programoje nustatytų vidutinės trukmės tikslų – mažinti valdžios sektoriaus deficitą, kad 2008 m. jis neviršytų 0,5 proc. BVP, o 2009 m. būtų pasiektas valdžios sektoriaus balansas. Prognozuojama, kad valstybės skola iki 2009 m. sumažės iki 17,7 proc. BVP. Auditoriai pastebėjo, kad 2005 metais Vyriausybės nutarimu patvirtintame Valstybės vidutinės trukmės skolinimosi politikos krypčių apraše išdėstyti vidutinės trukmės valstybės skolinimosi krypčių siektini rodikliai iki 2009 m. galėtų būti konkretesni. Nors skolos mažinimas yra užprogramuotas Valstybės skolos įstatymo nuostatose dėl skolinimosi tikslų ir fiskalinės politikos formavimo dokumentuose, tačiau šie teisės aktai nenustato valstybės lėšų panaudojimo, kai bus nedeficitinis ar perteklinis biudžetas, optimalaus skolos lygio, neturinčio įtakos valdžios sektoriaus finansų tvarumui. Vyriausybei pasiūlyta tobulinti Valstybės vidutinės trukmės skolos valdymo strategiją ir apsvarstyti galimybę teisės aktuose įtvirtinti nuostatą, kad viršplaninės valstybės biudžeto pajamos, pasiekus nedeficitinį ar perteklinį biudžetą, bus skiriamos valstybės skolai mažinti.
Auditoriai konstatavo, kad Finansų ministerija tinkamai valdo pagrindines valstybės skolos rizikas: orientuojamasi į ilgalaikį skolinimąsi, skolinamasi už fiksuotą palūkanų normą, skolos struktūroje dominuoja skoliniai įsipareigojimai eurais, kas padeda išvengti skolos valdymo išlaidų didėjimo. Tai atitinka Pasaulio banko ir Tarptautinio valiutos fondo rekomendacijas. Nuo 2003 m. Lietuvos valstybė nebesuteikia naujų valstybės garantijų skoliniams įsipareigojimams, tai mažina kredito riziką.
Tačiau audito ataskaitoje pažymima, kad Finansų ministerijos vykdomas valstybės piniginių išteklių valdymas ir skolintų lėšų poreikio prognozavimas yra tobulintinas, informacinės sistemos reikalauja daug rankinio darbo ir papildomų kontrolės procedūrų. Auditoriai atkreipė dėmesį, kad Finansų ministerija nepanaudojo visų galimybių investuoti laikinai laisvus valstybės piniginius išteklius. Šiuo metu ministerija modernizuoja valstybės skolos valdymo informacinę sistemą. Finansų ministerijai rekomenduota patvirtinti valstybės piniginių išteklių valdymo tvarką, paspartinti laikinai laisvų valstybės piniginių išteklių investavimą, nustatyti, kad visus sprendimus dėl metinio skolinimosi valstybės vardu poreikio ir reikšmingų jo pasikeitimų priimtų Finansų ministerijos sudaryta komisija.