Senovinės šventyklos liekanos atskleidė po jos grindimis buvus kapines, kuriose XVI amžiuje laidoti dvasininkai ir kitų aukštų luomų miestiečiai
Pačiame Klaipėdos centre prie Danės upės, senojo saldainių fabriko griuvėsių teritorijoje, archeologai aptiko XVI amžiaus senovinės bažnyčios – Švento Jono šventyklos – liekanas. Istoriniuose šaltiniuose užsimenama, kad šioje vietoje Danės uoste švartuodavosi laivai. Į netoliese buvusį turgų atvykdavę žvejai užsukdavo į bažnyčią pasimelsti prieš tolimą kelionę.
XVIII amžiuje per teritoriją, kurioje stovėjo šventovė, pradėta statyti miestą juosianti gynybinė apsauginė siena. Maldos namai buvo nugriauti, vėliau toje vietoje piltos šiukšlės.
Bažnyčios liekanos vėl išvydo dienos šviesą nugriovus senąjį saldainių fabriką. Specialistai kol kas negali pasakyti, kokį plotą užėmė senoviniai maldos namai, tačiau neabejojama, kad jie buvo dideli. Klaipėdos universiteto Istorijos katedros doktoranto Ernesto Vasiliausko teigimu, po atkastomis bažnyčios grindimis rastas ir nemažas kapinynas. Spėjama, jog čia buvo laidojami dvasininkai ir aukštesnių luomų atstovai. Per dieną archeologai atkasa iki dešimties medinių karstų su žmonių palaikais.
Pagal krikščioniškus papročius mirusieji į kapus guldyti taip, kad jų galvos būtų nukreiptos į Rytus, kur veikiausiai stovėjo bažnyčios altorius. Daugiau apie tuo metu mieste gyvenusius žmones archeologai negali pasakyti. Tikimasi, jog atkasus visas kapines, nuvalius kaulus ir antropologams juos ištyrus bus atkurtas ir vidutinio miestiečio stereotipas.
Vasiliauskas įsitikinęs, kad jau tuo metu, kai veikė ši bažnyčia, mieste buvo įsitvirtinusios vakarietiškos tradicijos. Pažymėtina, jog visi iškasti karstai pagaminti iš kokybiškos vokiškos medienos, turėjo rankenas. Juose randama įvairių daiktų, net pasitaiko žaislų ir skulptūrėlių.
Visi radiniai turėtų atitekti Mažosios Lietuvos istorijos muziejui. Muziejininkai jais džiaugiasi, tačiau dėl vietos saugyklose stokos negali tinkamai pasirūpinti. Patalpose nėra ventiliacijos ir eksponatams saugoti reikalingos šilumos, o ką jau kalbėti apie įrangą atitinkamai drėgmei palaikyti.
Šiuo metu maždaug 10 proc. muziejaus saugyklos istorinių vertybių eksponuojama parodose. Kitos dulka ant perpildytų lentynų. Vis dėlto muziejininkai nelinkę atsisakyti per archeologinius kasinėjimus atrastų naujų istorijos liudijimų.