Valstybės kontrolieriai atkreipia dėmesį į tai, kad geriau panaudoti Lietuvai skiriamas kvotas trukdo disproporcijos tarp Baltijos jūroje leidžiamų sugauti žuvų kiekio ir žvejybos bei gamybos pajėgumo.
Valstybės kontrolės pranešime spaudai skelbiama, jog Valstybės kontrolė įvertino, kaip Žemės ūkio ministerija ir Žuvininkystės departamentas 2005-2006 m. vykdė žuvininkystės sektoriuje administracines ir ekonomines valstybinio reguliavimo priemones.
Per šį laikotarpį žuvininkystei panaudota beveik 59 mln. Lt valstybės biudžeto lėšų, iš kurių trečdalį skyrė Europos Sąjunga. Valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės nuomone, pastaraisiais metais šioje srityje padaryta didelė pažanga, tačiau Žemės ūkio ministerijai, Žuvininkystės departamentui, Nacionalinei mokėjimo agentūrai pateiktų rekomendacijų įgyvendinimas padėtų dar efektyviau valdyti žuvininkystę.
Baltijos jūroje žvejojantys Lietuvos žvejai vidaus rinkos poreikius patenkina tik 20-25 proc., nes, saugodama žuvų išteklius, Europos Taryba riboja jų gaudymą. Net ir visiškai panaudojus Lietuvai skiriamas žuvų sugavimo Baltijos jūroje kvotas įmonių poreikių patenkinti nepavyktų. Tačiau auditoriai atkreipė dėmesį, kad geriau panaudoti Lietuvai skiriamas kvotas trukdo disproporcijos tarp Baltijos jūroje leidžiamo sugauti žuvų kiekio ir žvejybos bei gamybos pajėgumų.
Menkių pagavimo kvotų stinga, o brėtlingių (šprotų) ir strimelių žvejai galėtų pagauti daugiau, tačiau smulkių žuvų perdirbimui trūksta gamybos pajėgumų. Palyginti daug pajėgumų skirta priekrantės žvejybai, nors žuvų resursai šioje zonoje mažėja. Priemonės, kuriomis buvo siekiama suderinti žvejybos pajėgumus su žuvų ištekliais, davė teigiamų pokyčių, tačiau planuotų rezultatų nepasiekta. Buvo modernizuotas tik vienas iš aštuonių numatytų modernizuoti laivų, nepavyko dešimtadaliu sumažinti laivyno.
Nacionalinė mokėjimo agentūra 2006 m. nepagrįstai atmetė tris paraiškas dėl išmokų už laivų veiklos nutraukimą visam laikui. Jos buvo patenkintos 2007 m.
Auditorių nuomone, reikia tobulinti žuvininkystės tvarką vidaus vandenyse. Jie nurodė, kad Žvejybos kvotų skyrimo vidaus vandenyse komisijoje iš penkių jos narių tik vienas atstovauja Aplinkos ministerijai, nors būtent jai pavestos žuvininkystės reglamentavimo funkcijos vidaus vandenyse. Atkreiptas dėmesys į riziką, kad žūklės plotų naudotojai, vandens telkinių nuomininkai, privačių vandens telkinių savininkai, patys organizuodami žuvų išteklių tyrimus ir jų vykdytojams mokėdami savo lėšomis, turi galimybę gauti sau palankius tyrimų rezultatus.
Valstybinius neišnuomotus vandens telkinius įžuvina Lietuvos valstybinis žuvivaisos ir žuvininkystės tyrimų centras. Jo gamybiniai pajėgumai orientuoti į lervučių auginimą. Tačiau modernizavus įrangą būtų galima pateikti daugiau paaugintų jauniklių, kurių veisimas yra efektyvesnis. Tvirtinant žuvų įveisimo į valstybinius neišnuomotus vandens telkinius planus, ne visais atvejais atsižvelgiama į mokslininkų pateiktas rekomendacijas