Išanalizavę melioracijai skiriamų valstybės lėšų naudojimą valstybės auditoriai konstatavo, kad neretai jos naudojamos be pakankamos kontrolės ir neefektyviai. Valstybės kontrolierė Rasa Budbergytė atkreipė dėmesį į audito metu padarytą pažangą – Žemės ūkio ministerija ėmėsi priemonių, kad lėšos savivaldybėms būtų skiriamos tik tiems melioracijos darbams, kuriems parengti projektai ir atlikta tų projektų ekspertizė.
Bendra šalies melioracijos statinių įsigijimo vertė sudaro apie 7,5 mlrd. Lt. Kanalizuotus griovius ir nedidelio skersmens drenažo rinktuvus, kurių vertė sudaro 4 mlrd. Lt, valstybė praėjusiais metais perdavė privačių žemės savininkų nuosavybėn. Tačiau šie duomenys nėra tikslūs, nes melioracijos statinių apskaita nėra tinkama, savivaldybių turimi duomenys apie jų balansinę vertę nesutampa su Valstybinio žemėtvarkos instituto ir Žemės ūkio ministerijos duomenimis.
Pastaraisiais metais melioracijos sistemų remontui valstybė kasmet skirdavo po 45 mln. Lt, nors, Žemės ūkio ministerijos duomenimis, reikia dvigubai daugiau lėšų. Nepakankamas melioracijos darbų finansavimas kelia riziką, kad ateityje apleistų melioracijos sistemų atstatymui reikės skirti daugiau lėšų, nei reikalauja jų priežiūra. Pastaraisiais metais beveik nestatomos naujos melioracijos sistemos, nebekalkinamos rūgščios dirvos.
Auditorių nuomone, nelogiška, kad visi melioracijos darbai apmokami iš Valstybės kapitalo investicijų programos lėšų. Didelė jų dalis skiriama smulkiems statinių ir įrenginių remontams, eksploatavimo išlaidoms padengti, bebrų užtvankų ardymui ir kitiems darbams, kurie nedidina ilgalaikio turto vertės. Todėl tokia finansavimo tvarka iškraipo informaciją apie valstybės investicijas ir turtą. Be to, investiciniams projektams keliami didesni projektavimo reikalavimai, kurie be reikalo padidina bendrą melioracijos darbų kainą.
Melioracijai skirtų lėšų panaudojimą turi kontroliuoti savivaldybių administracijų direktoriai. Tačiau auditoriai nustatė, kad realiai kontrolės funkcijos perleistos departamentų direktoriams ir specialistams, kurie patys parenka objektus, patys perka paslaugas ir darbus bei patys kontroliuoja lėšų panaudojimą. Savivaldybių administracijos neteikė Finansų ministerijai privalomos informacijos apie lėšų panaudojimą.
Ne visos apskričių administracijos vykdo joms įstatymu pavestą valstybinę melioracijos darbų priežiūrą.
Todėl esama kontrolės sistema neužtikrina, kad melioracijai skirtos lėšos būtų naudojamos taupiai.
Melioracijos projektų ekspertizes atlieka tik dvi įmonės – UAB „Valstybinė projektų ir sąmatų ekspertizė” ir Zenono Kinderio individuali įmonė, turinčios Žemės ūkio ministerijos išduotus atestatus. Per praėjusius metus jos atliko daugiau nei po pusę šimto ekspertizių. Auditoriai atkreipė dėmesį, kad tik UAB „Valstybinė projektų ir sąmatų ekspertizė” nustatė projektuose nepagrįstai padidintas sąmatines kainas ir tokiu būdu įgalino sumažinti valstybės biudžeto išlaidas beveik 343 tūkst. Lt. Zenono Kinderio individuali įmonė neatitikimų projektuose nenustatė. Auditoriai atkreipė Žemės ūkio ministerijos dėmesį, kad mažas atestuotų ekspertų skaičius kelia riziką, jog jų paslaugos gali būti nepakankamai kokybiškos, o kaina – pernelyg aukšta.