Šiandien Vyriausybė patvirtino Kuršių marių vandens kokybės gerinimo programą 2006-2015 m. Programos numatytos priemonės leis iki 2015 m. pasiekti, kad Kuršių marių vanduo atitiktų maudykloms keliamus kokybės reikalavimus, taip pat pagerės Baltijos jūros pakrantės vandens kokybė.
Daugelį metų Kuršių mariose stebimos padidėjusios eutrofikacijos (biologinio produktyvumo didėjimo), užžėlimo vandens augalais, sunkiųjų metalų, bakteorologinio užterštumo problemos. Tai ne tik įtakoja gamtinę aplinką, bert taip pat apsunkina rekreacijos, vandens turizmo, žuvininkystės plėtrą.
Kuršių marių vandens kokybės gerinimo programoje numatyta iki 2010 m. sumažinti Nemuno baseine susidarančią ir į marias patenkančią taršą. Nemunu į Kuršių marias atiteka apie 98 proc. viso vandens, todėl jų aplinkos būklei didžiausios įtakos turi šios upės nuotėkis bei jos vandens kokybė. Taip bus siekiama išspręsti vieną aktualiausių Kuršių marių vandens kokybės problemų – eutrofikaciją, kuri pasireiškia planktoninių dumblių sukeltu intensyviu vandens „žydėjimu”.
Taršą mažinti padės ir renovuotos bei išplėtotos komunalinių nuotekų tvarkymo sistemos, taip pat paviršinių nuotekų sistemų įdiegimas didesnėse vietovėse. Programoje planuojama, kad iki 2008 m. didesniuose ūkiuose bus įrengtos Europos Sąjungos reikalavimus atitinkančios mėšlidės, srutų ir nuotekų kauptuvai bei naudojamos organinių trąšų skleidimo ir įterpimo bei kitos aplinkosauginės priemonės.
Daug dėmesio numatoma skirta ir tarptautiniam bendradarbiavimui stiprinti, nes be bendrų pastangų su kaimyninėmis šalimis nepavyks sumažinti į marias patenkančio didelio kiekio teršalų. Jie Nemunu atiteka iš Baltarusijos, taip pat iš Kaliningrado srities Nemano bei Sovietsko miestų, kur yra celiuliozės fabrikai. Numatyta vykdyti bendras tarpvalstybines vandens apsaugos, naudojimo ir taršos mažinimo programas bei projektus, keistis informacija apie vykdomos bei planuojamos ūkinės veiklos poveikį aplinkai.
Kuršių marių vandens kokybė dabar yra stebima 14-oje vietų.