Pažintis su užsienio šalių konkurencijos institucijų veikla ir Lietuvos Respublikos konkurencijos tarybos patirtis paskatino įkurti Kartelių skyrių. Skyrius, atliksiantis draudžiamų susitarimų tarp konkurentų (kartelių) tyrimus ir kitas su tuo susijusias funkcijas, Konkurencijos tarybos administracijoje įsteigtas siekiant geriau ir greičiau išaiškinti pačius rimčiausius Konkurencijos įstatymo pažeidimus. Kasmet Konkurencijos taryba išaiškina atskirose rinkose sudarytų draudžiamų susitarimų ir nubaudžia ūkio subjektus. Kadangi tyrimai dėl galimų kartelinių susitarimų būna sudėtingi ir ilgai trunkantys, reikalaujantys aukštos specialistų kvalifikacijos ir žinių, specialaus skyriaus specialistai, stebėdami ir analizuodami padėtį prekių rinkose, turės daugiau galimybių pastebėti galimų draudžiamų susitarimų apraiškas ir esant pagrindui greičiau pateikti pasiūlymus Konkurencijos tarybai pradėti tyrimus.
Slaptus horizontalius susitarimus tarp konkuruojančių ūkio subjektų, kuriais siekiama riboti konkurenciją arba kurie riboja ar gali riboti konkurenciją, sudaryti draudžia Konkurencijos įstatymo 5 straipsnio nuostatos. Kartelių skyriaus specialistai stengsis operatyviai išaiškinti šiuos pažeidimus.
Kartelių skyriaus specialistai atliks tyrimus ir dėl Europos Bendrijos steigimo sutarties 81 straipsnio (horizontalūs susitarimai) pažeidimų, stebės ir analizuos Europos konkurencijos institucijų tinkle esančią informaciją dėl šio straipsnio pažeidimų ir esant pagrindui teiks pasiūlymus Konkurencijos tarybai. Kadangi draudžiami susitarimai nesuderinami su bendrąja rinka ir gali paveikti valstybių narių tarpusavio prekybą ir trukdyti konkurencijai, Kartelių skyrius bus atsakingas už tokių pažeidimų išaiškinimą bendradarbiaujant su kitų ES valstybių konkurencijos institucijomis.
Konkurencijos taryba, siekdama užtikrinti sąžiningą konkurenciją, yra suinteresuota įvertinti draudžiamų konkurentų susitarimo dalyvių geranoriškus prisipažinimus ir taikyti atleidimo nuo baudų galimybę, o ne tik bausti Konkurencijos įstatymą pažeidusius ūkio subjektus. Kartelių skyrius turės galimybę siūlyti Konkurencijos tarybai sumažinti baudą draudžiamo konkurentų susitarimo dalyviui, kuris įvykdys Baudų nustatymo taisyklėse numatytas sąlygas: pirmasis iš draudžiamo konkurentų susitarimo dalyvių pateiks jam visą žinomą informaciją; pateiks draudžiamo konkurentų susitarimo reikšmingus įrodymus, kurių neturi Konkurencijos taryba; nebus buvęs draudžiamo konkurentų susitarimo iniciatorium ir nebus skatinęs kitus ūkio subjektus dalyvauti tokiame susitarime.
Skatindama ūkio subjektus bendradarbiauti, Konkurencijos taryba yra suinteresuota pasinaudoti jai suteikta galimybe atleisti nuo baudų ūkio subjektus, kurie padeda atskleisti didelę žalą konkurencijai darančius kartelinius susitarimus.