Valstybės kontrolė įvertino, ar tinkamai parengtos Europos Sąjungos struktūrinių fondų 2004–2006 m. I pusmečio išlaidų ataskaitos. Šiam laikotarpiui Lietuvai iš ES fondų skirta daugiau nei 3 mlrd. litų. Valstybės kontrolės atliktas auditas apėmė 17 valstybės institucijų bei visus ES struktūrinius fondus. Auditorių nuomone, atsakingoms institucijoms pritrūko gebėjimų nustatyti klaidas ir užtikrinti, kad Europos Komisijai deklaruojamos išlaidos būtų tinkamos ir teisingos.
Auditoriai nustatė, kad apskaičiuojant dirbtą laiką, sudarant darbo sutartis, pildant darbo laiko apskaitos žiniaraščius neretai daromos klaidos, nepaisoma kai kurių Darbo kodekso reikalavimų. Pavyzdžiui, nustatyta atvejų, kai projekto užduotys atliekamos pagrindinio darbo metu, tačiau sumokamas ir visas pagrindinis atlyginimas, ir atlyginimas už darbą projekte. Todėl auditoriai negalėjo įsitikinti, kad visais atvejais ES lėšomis finansuojamos išlaidos yra tinkamos ir pagrįstos.
Tarpinių institucijų kontrolės veiksmai prieš rengiant išlaidų deklaracijas buvo epizodiški ir nepakankamai sistemingi, kai kurios institucijos neatliko jokių tikrinimų projektų įgyvendinimo vietose.
Kartu su mokėjimo prašymais pateikiami ne visi išlaidas pateisinantys ir apmokėjimą įrodantys dokumentai arba jie pateikiami neišsamūs, neatitinkantys teisės aktų reikalavimų, yra su klaidingais duomenimis. Pavyzdžiui, įgyvendinančioji institucija pripažino tinkamomis finansuoti konsultavimo paslaugų išlaidas pagal dokumentus, kuriuose pateikti klaidingi duomenys. Yra rizika, kad konsultavimo paslaugos nebuvo atliktos, todėl ir išlaidos gali būti netinkamos.
Valstybės kontrolė pasiūlė atlikti papildomus patikrinimus dėl išlaidų tinkamumo ir pateikė rekomendacijas, kaip už ES lėšų priežiūrą ir įgyvendinimą atsakingoms institucijoms gerinti savo veiklą ir nekartoti klaidų ateityje.
Apibendrindama atliktų auditų dėl ES lėšų panaudojimo rezultatus valstybės kontrolierė Rasa Budbergytė pabrėžė, kad dar ne visos už ES lėšų priežiūrą ir įgyvendinimą atsakingos institucijos išmoko laikytis nustatytų procedūrų ir reikalavimų.