Nuo 2007 m. sausio 1 d. įsigalioja 2006 m. gegužės 25 d. Lietuvos Respublikos mokesčių už valstybinius gamtos išteklius įstatymo pakeitimo įstatymas Nr. X-616 (Žin., 206, Nr. 65-2382), jį pavadinant Lietuvos Respublikos mokesčio už valstybinius gamtos išteklius įstatymu, ir išdėstoma visa nauja jo redakcija.
Iš dalies keičiasi mokesčio už valstybinius gamtos išteklius apskaičiavimo, deklaravimo ir mokėjimo tvarka.
Nuo 2007 m. sausio 1 d. avansu šio mokesčio mokėti nebereikės, bus mokama už faktinį per mokestinį laikotarpį išgautą (panaudotą) išteklių kiekį, mokestiniam laikotarpiui pasibaigus. Mokesčio mokėtojai, mokestiniam laikotarpiui pasibaigus, privalės užpildyti metines mokesčio už valstybinius gamtos išteklius deklaracijas ir jas pateikti teritorinei valstybinei mokesčių inspekcijai, kurios teritorijoje įregistruotas mokesčio mokėtojas, ir atitinkamai Aplinkos ministerijos ar jos įgaliotai institucijai, išdavusiai leidimą, bei sumokėti mokestį iki kalendorinių metų, einančių po mokestinio laikotarpio, vasario 1 dienos.
Mokesčio už valstybinius gamtos išteklius deklaracijos formą, jos pildymo ir pateikimo tvarką nustatys Aplinkos ministerija kartu su Valstybine mokesčių inspekcija prie Finansų ministerijos.
Teritorinės valstybinės mokesčių inspekcijos pagal mokesčio mokėtojų pateiktas deklaracijas bei Aplinkos ministerijos ar jų įgaliotų institucijų tikrinimo dokumentus kontroliuos, ar laiku sumokamas mokestis, bei išieškos nesumokėtą mokestį ir su juo susijusias sumas.
Aplinkos ministerija ar jos įgaliotos institucijos, kaip ir šiuo metu, kontroliuos, ar teisingai apskaičiuojamas ir deklaruojamas mokestis už valstybinius gamtos išteklius.