Išanalizavusi, ar efektyviai kuriama komunalinių atliekų tvarkymo sistema, Valstybės kontrolė nustatė, kad vėluojama įrengti naujus ir uždaryti arba renovuoti senus sąvartynus, atliekos blogai surenkamos, nepakankamai rūšiuojamos ir perdirbamos, už atliekas ne visuomet moka pats teršėjas. Europos Komisijos direktyvos numato, kad atliekų šalinimas reikalavimų neatitinkančiuose sąvartynuose turi būti uždraustas iki 2009 m. liepos mėn. Tačiau ne visus regioninius atliekų tvarkymo projektus planuojama įgyvendinti iki Europos Komisijos nustatyto termino: Utenos ir Tauragės regionų atliekų tvarkymo projektus numatoma baigti 2009 m., o Panevėžio regiono – tik 2010 m. Valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės nuomone, atliekų tvarkymo sistemos sukūrimui turi būti skiriama daugiau dėmesio, nes tai viena iš svarbiausių ir sudėtingiausių Lietuvos integracijos į Europos Sąjungą dalių.
Kasmet Lietuvoje kiekvienam gyventojui tekdavo vidutiniškai beveik po 400 kg komunalinių atliekų, kurių didžioji dalis išgabenama į sąvartynus. Valstybiniame strateginiame atliekų tvarkymo plane numatyta mažinti į sąvartynus patenkančių komunalinių atliekų kiekį, išplėsti jų pakartotinį naudojimą ar apdorojimą ir naudojimą energijai gauti. Lietuvoje apie 90 proc. susidariusių atliekų šalinama sąvartynuose ir tik apie 10 proc. perdirbama ar pakartotinai panaudojama. Tai rodo, kad Lietuvoje pažangūs atliekų tvarkymo būdai dar neįgyvendinti. Atliekų tvarkymui racionalizuoti iki 2009 metų numatyta panaudoti 446 mln. litų. Du trečdalius šių lėšų skiria Europos Sąjunga.
Lietuvoje numatyta sukurti 10 regioninių atliekų tvarkymo sistemų: Alytaus, Tauragės, Šiaulių, Klaipėdos, Vilniaus, Marijampolės, Telšių, Utenos, Kauno ir Panevėžio regionuose. Šiuo metu naudojama apie 300–350 sąvartynų. Dalis jų veikia nelegaliai arba pusiau legaliai, t. y. tinkamai neįregistruoti ir neturėdami licencijų arba leidimų. Atliekų apskaita juose nėra tinkamai organizuota ir pakankamai tiksli.
Valstybės kontrolė konstatavo, kad 2005 metais regioninės atliekų tvarkymo sistemos buvo kuriamos sparčiau negu ankstesniais metais. Tačiau tempai vis dar nėra pakankami, nes iki šiol projektų įgyvendinimui pasirašyta sutarčių, kurių vertė sudaro mažiau negu trečdalį numatytų skirti lėšų, o realiai panaudota mažiau nei dešimtadalis lėšų. Audito ataskaitoje pateikiama išsami informacija apie projektų įgyvendinimo eigą ir problemas kiekviename regione. Darbams labiausiai trukdo nepakankamai aiškus funkcijų pasiskirstymas tarp Aplinkos ministerijos, Aplinkos projektų valdymo agentūros, apskričių viršininkų administracijų, projektų priežiūros komitetų, savivaldybių ir regioninių atliekų tvarkymo centrų. Aplinkos ministerija ir apskričių viršininkų administracijos turi ribotas teisines ir administracines galimybes koordinuoti sistemų kūrimo procesus regionuose ir įtakoti savivaldybių veiksmus, kurios dažnai turi skirtingas nuomones dėl atliekų tvarkymo centrų finansavimo ir valdymo.
Valstybės kontrolė rekomendavo Vyriausybei numatyti priemones, kurios paspartintų projektų įgyvendinimą, aiškiau nustatyti apskričių ir savivaldybių kompetenciją, funkcijas ir atsakomybę. Aplinkos ministerijai pasiūlyta imtis priemonių, kad būtų nustatyti aiškūs projektuose dalyvaujančių įstaigų tarpusavio sąveikos principai ir sustiprinta jų kontrolė. Aplinkos projektų valdymo agentūrai kartu su regioniniais atliekų tvarkymo centrais pasiūlyta išanalizuoti sudarytas sutartis ir taikyti griežtesnes sankcijas už darbų neatlikimą sutartyse numatytais terminais. Apskričių viršininkų administracijos kartu su regioninius atliekų tvarkymo centrus įsteigusiomis savivaldybėmis turėtų sudaryti būtinų susitarimų tarp savivaldybių sąrašą. Jis padėtų savivaldybėms aiškiau reglamentuoti tarpusavio santykius dėl atliekų tvarkymo funkcijų ir uždavinių nustatymo bei perdavimo centrams ar kitiems atliekų tvarkytojams, atliekų tvarkymo tarifų ar rinkliavų nustatymo, lėšų už atliekų tvarkymą surinkimo ir paskirstymo.